استعمل العلماء تقنية فصل البروتينات عن بعضها البعض عن طريق تحركها على الجل (هجرة كهربائية ) وانفصالها عن بعضها البعض حسب الوزن الجزيئي لها في صورة حزم bands or fragments وكذلك حسب الشحنة الكهربائية الموجودة على الحزم ، وذلك عن طريق تعريضها الى تياركهربائي وهي على لوح من المادة الهلامية المعروفة بالجل . ولقد استعمل العلماء نفس الفكرة في فصل قطع الدنا عن بعضها البعض .
ومن المعروف ان للحمض النووي شحنة سالبة ولذلك فعند وضع بعض من الدنا في طرف من اطراف قالب الجل ثم تعرض لسريان تيار كهربائي بحيث يكون القطب السالب عند الطرف الذي وضعنا فيه الدنا والقطب الموجب عن الطرف الاخير من القالب فان الدنا ينتقل تلقائيا باتجاه الطرف الموجب . وتتوقف حركة قطع او حزم الدنا على حسب احجامها على طول اللوح . فالقطع او الحزم الصغيرة تتحرك بشكل اكبر من القطع الكبيرة . وبذلك يمكن فصل هذه القطع عن بعضها البعض. ويمكن تحديد الحجم الفعلي لكل قطعة او حزمة عن طريق اضافة قطع معروفة الحجم من الدنا التي اتكون بمثابة مقياس يرجع اليه لاستنتاج حجم القطع . وعلى اية حال هناك نوعان اساسيان من الواح الجل ، الاول يسمى بجل الاجاروز Agarose gel والثاني يسمى بجل البولي اكريلاميد Polyacrylamide gel .
ونظرا لصغر الفراغات التي بين جزيئات الاجاروز فانه يستخدم لفصل القطع الصغيرة الحجم من الدنا وفي العادة التي تكون اصغر من 500 جزئ من الحمض النووي والتي تتفاوت بين بعضها البعض بجزئ او جزيئين . بينما يستخدم البولي اكريلاميد للأحجام الاكبر من الدنا والتي يتراوح حجمها بين 300-10000 جزئ من الدنا . ومادة الاجاروز هي مادة كربوهيدراتية مستخرجة من الطحالب وعند تحضيرها فانها تشبه في قوامها الجل الذي نأكله ولكنها اقوى بعض الشيء ولكنها قابلة للتهتك او الانقطاع عند التعامل معها بلا حذر .
ولقد واجهه العلماء صعوبات في فصل القطع الكبيرة من الدنا وذلك لان هذه الشظايا وعند وضعها على جل الاكاروز وبعد توصيل التيار الكهربائي اليها تتوقف لأنها تتمدد بشكل متعرج على شكل ثعبان ملتوي باتجاه القطب السالب والاخر باتجاه القطب الموجب . ولقد حلت هذه المشكلة عن طريق تعريض جل الاكاروز الى مستويات متفاوتة من القوة الكهربائية على طول اللوح وبذلك فان قطعة الدنا الطويلة عندما تتعرض الى التيار كهربائي مختلف يجعلها تعدل من تمددها المتعرج قبل ان تدخل في التيار الكهربائي الجديد ويستمر هذا التفاوت في التيار والتعديل في قوام القطعة حتى يصل الى المكان الذي يجب ان تقف فيه حسب حجمها . ويسمى هذا النوع من الفصل بالفصل عن طريق المجال الكهربائي المتردد Pulsed-field .
ولقد مكنت هذه التقنية من فصل قطع كبيرة من الدنا وحتى فصل قطع من الكروموسومات على الجل وتتراوح القطع التي يمكن فصلها بهذه الطريقة بين 220000 الى 25 مليون جزئ من الدنا . وتجدر الاشارة ان القطع المفصولة بالبولي اكريلاميد والاكاروز لا تكون واضحة للعيان ولذلك يجب تعرض لوح الجل للضبغ بمادة بروميد الاثيديوم Ethidium bromide والتي تلمع عند تعرضها للأشعة فوق البنفسجية . وهناك طريقه اكثر دقه لمشاهدة القطع على لوح الجل وهذه الطريقة تعتمد على اضافة مادة مشعة نووية الى الدنا قبل ان يوضح على لوح الجل ولكن هذه الطريقة تحتاج الى احتياطات معينة لكي لا تضر من يستخدمها .