هناك مجموعة من النظريات والتفسيرات التي حددت العوامل والأسباب المؤدية لحدوث النينو، وتتضمن ما يلي: تفاعل ما بين المحيط والغلاف الجوي، ينتج عنه تغيّر في حركة الرياح تحديداً في الجنوب الشرقي, اختلال في طبقة الأرض المسماة بالأديم، والذي ينتج عن كوارث طبيعية، كالزلازل والبراكين, أسباب تتعلق بعامل خارج المدار يؤدي إلى تفجر النينو، ويتعلق بتدفق التيارات الهوائية الباردة والتيارات النفاثة من العروض العلوية, نتيجة تأثير جزيئات البراكين المدارية قبل تفجر النينو بأشهر، ويصاحبها وجود ضباب كثيف مصدره العروض المدارية الدافئة. تغيرات في الضغط في القارة القطبية تحديداً الجنوبية ما يعرف بنظرية البقع الشمسة إضافةً إلى النينو النموذجي.