من المبادئ التي طبّقها الإمام في أيام حكومته منح الناس الحرية الكاملة شريطة أن لا تستغلّ في الاعتداء على الناس ولا تضرّ بمصالحهم وأن لا تتنافى مع قواعد الشرع ومن معالمها الحرية السياسية ونعني بها أن تتاح للناس الحرية التامّة في اعتناق أي مذهب سياسي من دون أن تفرض السلطة عليهم رأيا معاكسا وقد منح الإمام (عليه السلام) هذه الحرية حتى لأعدائه الذين أعلنوا رفض بيعته التي قام عليها إجماع المسلمين كسعد بن أبي وقّاص وعبد الله بن عمر وكعب بن مالك ومسلمة بن مخلد وأبي سعيد الخدري وأمثالهم من أنصار الحكم المباد الذي كان يغدق عليهم بهباته وأمواله ولم يجبرهم الإمام على بيعته ولم يتّخذ معهم أي إجراء حاسم كما اتّخذه أبو بكر ضدّ المتخلّفين من بيعته.

كان الإمام (عليه السلام) يرى الناس أحرارا في اتّجاهاتهم وميولهم ويجب على الدولة أن توفّر لهم الحرية الكاملة ما لم يعلنوا التمرّد على الحكم القائم أو يحدثوا فسادا في الأرض وقد منح الإمام الحرية للخوارج فلم يحرمهم العطاء ولم تطاردهم الشرطة والجيش مع العلم أنّهم كانوا من ألد أعدائه وخصومه ولمّا سعوا في الأرض فسادا وأذاعوا الذعر والخوف بين الناس انبرى إلى قتالهم حفظا على المصلحة العامّة , وعلى أي حال فيتفرّع عن الحرية السياسية حرية القول فمن مظاهر الحرية الواسعة التي منحها الإمام (عليه السلام) للمواطنين حرية القول وإن كان في غير صالح الدولة ما لم يتعقّبه فساد فالعقاب يكون عليه ؛ وقد روى المؤرّخون أنّ الإمام لمّا رجع من النهروان استقبل بمزيد من السبّ والشتم فلم يتّخذ الإمام مع القائلين أي إجراء ولم يقابلهم بالعقوبة والحرمان وقد التقى أبو خليفة الطائي بجماعة من اخوانه وكان فيهم أبو العيزار الطائي وهو ممّن يعتنق فكرة الخوارج فقال لعدي بن حاتم : يا أبا طريف أانم سالم أم ظالم آثم؟

وقد عرّض بذلك إلى الإمام أمير المؤمنين (عليه السلام) فقال له عدي : بل غانم سالم , قال  الحكم : ذاك إليك , وأوجس منه خيفة الأسود بن زيد والأسود بن قيس فألقيا القبض عليه ونقلا كلامه المنطوي على الشرّ والخبث إلى الإمام فقال الإمام لهما : ما أصنع؟ قال : نقتله ؛ فرده : أقتل من لا يخرج عليّ؟ فقالوا : تحبسه ؛ فقال (عليه السلام) : ليس له جناية خلّيا سبيل الرّجل .

ولم يشاهد الناس مثل هذه الحرية في جميع مراحل التأريخ فلم يحاسب الإمام الناس على ما يقولون وإنّما تركهم وشأنهم فلم يفرض عليهم رقابة تحول بينهم وبين حرّيتهم.

والنوع الاخر من الحرية حرية النقد فقد منح الإمام الحرية الواسعة لنقد حكمه ولم يتعرّض للناقدين له بسوء وكان ابن الكوّاء من ألدّ أعدائه فقد اعترض عليه وقال له : {لَئِنْ أَشْرَكْتَ لَيَحْبَطَنَّ عَمَلُكَ} [الزمر: 65] فردّ عليه (عليه السلام) : {فَاصْبِرْ إِنَّ وَعْدَ اللَّهِ حَقٌّ وَلَا يَسْتَخِفَّنَّكَ الَّذِينَ لَا يُوقِنُونَ} [الروم: 60] ولم يتّخذ الإمام ضدّه أي إجراء وإنّما عفا عنه وخلّى سبيله.

ومن الحريات المتاحة ايضا حرية التنقّل فأن الإمام (عليه السلام) لم يفرض الإقامة الجبرية على أي أحد من الصحابة وغيرهم كما فرضها عمر بن الخطّاب وقد سمح الإمام لطلحة والزبير بالخروج من المدينة مع علمه أنّهما يريدان الغدرة لا العمرة , هذه بعض مظاهر الحرية التي منحها الإمام (عليه السلام) للمواطنين وقد حقّقت العدل بين الناس بجميع رحابه ومفاهيمه.