وأهم عيوب البيانات الثانوية مقارنة بالمصادر الأولية هي:

أ- احتوائها على أخطاء ناتجة عن عمليات النقل من المصادر الأولية.

ب- احتواء المصادر الأولية على معلومات إضافية توضح طرق قياس أو جمع أو تصنيف البيانات الأولية مما يفيد الباحث في تقويم تلك البيانات قبل استخدامها في البحث، والتأكد من مقدار الثقة في جميع البيانات. ومن ثم تقدير مدى الثقة في نتائج بحثه أو دراسته وهذا لا يتوفر في حالة البيانات الثانوية.

ج- تكون البيانات الأولية بصورة مفصلة أكثر من البيانات الثانوية، وهذا يفيد الباحث في تحليل البيانات وتصنيفها.