هناك ضمانات عديدة للموظف المخالف ما قبل التحقيق وما بعده حيث يجب ان تستند الاحالة إلى حجج وأسانيد مقبولة وأن تكون اللجنة التحقيقية مُشكلة وفق القانون ويجب على الادارة قبل ألتحقيق إخطار الموظف بالمخالفة المنسوبة اليه وتمكينه من الاطلاع على المستندات المتعلقة باتهامه بالفعل الخاطئ ليتمكن من الدفاع عن نفسه ولا يجوز توقيع العقوبة على الموظف المخالف ما لم تسمع اقواله فقد يكون لديه ادلة تثبت براءته او لديه اسباب قانونية تعفيه من المسؤولية او لديه ادلة تثبت وقوع المخالفة من موظف آخر وليس منه ويجب على الادارة حين توقيع العقوبة ان تقوم بتسبيب قرارها وعلى اساس تسبيب القرار يمكن للموظف الذي تم معاقبته تحديد موقفه بالتظلم من القرار او الطعن فيه من عدمه حيث إن من حق الموظف الطعن في قرار فرض العقوبة وفق الاصول التي ذكرها القانون وتعد هذه الوسيلة من الضمانات المهمة للموظف المعاقب فعندما يكون الموظف ضحية لعقوبات تعسفية وغير مشروعة يمكنه الطعن بهذه العقوبات أمام (محكمة قضاء الموظفين) حتى لا تكون الادارة الحكم والخصم في ان واحد ومن ضمانات الموظف الأخرى بأنه عند طعن الموظف في قرار فرض العقوبة امام محكمة قضاء الموظفين فانه لا يضار بطعنه حيث لا يجوز تشديد العقوبة على الموظف من قبل المجلس المذكور فعمل محكمة قضاء الموظفين يكون اما المصادقة على القرار الاداري او تخفيضه او الغاؤه ومن الضمانات الأخرى عدم جواز معاقبة الموظف مرتين عن فعل واحد وامكانية الغاء العقوبات الانضباطية إذا وجدت مبررات أو أسباب تبرر إلغاء العقوبة . ويعد استجواب الموظف أو التحقيق معه من القواعد الشكلية التي لا يجوز إهمالها وهي من النظام العام وإن عدم مراعاتها يؤدي إلى بطلان الاجراءات القانونية المتخذة (قرار محكمة قضاء الموظفين المرقم 120/انضباط تمييز/2011 في 24/3/2011) ويجب على اللجنة التحقيقية التحقيق تحريرياً مع الموظف المخالف قبل التوصية بالعقوبة وبعكسه تكون اللجنة التحقيقية قد خالفت البند (ثانياً) من المادة (10) من قانون انضباط موظفي الدولة والقطاع العام المرقم (14) لسنة 1991 المعدل حيث لا يجوز للجنة التحقيقية التحقيق شفوياً أو ارسال اسئلة بالبريد أو بكتاب وإنما يجب ان تكون الافادة بصيغة سؤال مقابله جواب (قرار محكمة قضاء الموظفين المرقم 140/انضباط/تمييز/2011 في 7/4/2011) و (قرار مجلس شورى الدولة _الهيئة التمييزية المرقم 219/انضباط/تمييز/2013) .