دعا مكتب السيد السيستاني (دام ظله) إلى رفع اسم المرجع الديني الأعلى من مصلى افتتحته مدرسة (دار العلم) في النجف الأشرف، وذلك عبر بيان خاطب فيه السيد جواد الخوئي متولي المدرسة. وادناه نص الخطاب: بسم الله الرحمن الرحيم فضيلة العلامة السيد جواد الخوئي متولي مدرسة دار العلم للامام الخوئي (رضوان الله عليه)، السلام عليكم ورحمة الله وبركاته وبعد: فقد فوجئنا بما أعلن عنه في حفل افتتاح مصلى مدرسة (دار العلم) من تسميته باسم سماحة السيد السيستاني (دام ظله)، ومن المؤكد أن ذلك كان منكم بهدف الإشادة بمقام المرجعية الدينية العليا وعرفاناً لأمرها بتكميل بناء القسم السكني من هذه المدرسة المباركة، وهو موضع شكر وتقدير. ولكن حيث ان سماحته لا يرغب في أن يوضع اسمه على أي مكان عام، وقد سمى ما شيده بنفسه من المدارس العلمية بأسماء علماء آخرين - كنجم الأئمة الاسترابادي والعلامة البلاغي والمحقق الشيخ حسين الحلي والعلمين المظفرين - فإن المأمول منكم تغيير التسمية المذكورة، ولكم جزيل الشكر. مكتب السيد السيستاني - النجف الأشرف 17 شهر رمضان 1444هـ