اختلف المؤرخون حول وجود الامام الباقر عليه السلام في واقعة الطف، فبعضهم من ينفي وجوده وبعضهم من يقول انه كان شابا يافعا، والبعض الاخر يقول انه كان صغيرا.
الا ان حديثه عليه السلام الذي جاء فيه (قتل جدي الحسين ولي أربع سنين وإني لأذكر مقتله، وما نالنا في ذلك الوقت)، يثبت انه كان حاضرا وشاهدا على واقعة الطف الاليمة والاحداث التي جرت على جده الامام الحسين عليه السلام واهل بيته واصحابه، فضلا عن تحمله معاناة الاسر ومرافقته للعائلته في طريق السبي من الكوفة الى الشام والوقوف في مجلس يزيد.
وقد ورد عن الرسول الاعظم محمد صلى الله عليه واله عدد من الاحاديث التي ذكر فيها الامام الباقر عليه السلام، حتى جاء عنه صلوات الله عليه واله (إذا فارق الحسين الدنيا فالقائم بالأمر بعده علي ابنه، وهو الحجة والإمام، وسيخرج الله من صلب علي ابناً اسمه اسمي وعلمه علمي وحكمه حكمي، وهو أشبه الناس بي وهو الإمام والحجة بعد أبيه).
اما عن ابلاغ السلام له من جده رسول الله صلى الله عليه واله قبل ولادته فيجمع المؤرخون على أن النبيّ (صلى الله عليه وآله وسلم) حمّل الصحابي جابر بن عبد الله الانصاري تحياته، الى سبطه الإمام الباقر، وكان جابر ينتظر ولادته بفارغ الصبر ليؤدي اليه رسالة جده، فلما ولد الإمام وصار صبياً يافعاً التقى به جابر فأدى اليه تحيات النبيّ (صلى الله عليه وآله) وقد روى المؤرخون ذلك بصور متعددة، منها ما رواه ابن عساكر ان الإمام زين العابدين (عليه السلام) ومعه ولده الباقر دخلا على جابر بن عبد الله الأنصاري، فقال له جابر: من معك يا ابن رسول الله؟ قال: معي ابني محمد، فأخذه جابر وضمّه اليه وبكى، ثم قال: اقترب اجلي، يا محمد! رسول الله (صلى الله عليه وآله) يقرؤك السلام. فسئل: وما ذاك؟ فقال: سمعت رسول الله (صلى الله عليه وآله) يقول: للحسين بن علي يولد لابني هذا ابن يقال له علي بن الحسين، وهو سيد العابدين إذا كان يوم القيامة ينادي مناد ليقم سيد العابدين فيقوم علي بن الحسين، ويولد لعلي بن الحسين ابن يقال له: محمد اذا رأيته يا جابر فاقرأه مني السلام، يا جابر اعلم ان المهدي من ولده، واعلم يا جابر أنّ بقاءك بعده قليل).
كما روى تاج الدين بن محمد نقيب حلب بسنده عن الإمام الباقر (عليه السلام) قال: (دخلت على جابر بن عبد الله فسلّمت عليه. فقال لي من أنت؟ وذلك بعد ما كف بصره، فقلت له: محمد بن علي بن الحسين، فقال: بأبي أنت وأمي، ادن مني فدنوت منه، فقبّل يدي ثم أهوى الى رجلي فاجتذبتها منه، ثم قال: إن رسول الله يقرؤك السلام، فقلت وعلى رسول الله (صلى الله عليه وآله) السلام ورحمة الله وبركاته، وكيف ذلك يا جابر؟ قال: كنت معه ذات يوم فقال لي: يا جابر لعلك تبقى حتى تلقى رجلاً من ولدي يقال له محمد بن علي بن الحسين يهب له الله النور والحكمة فاقرأه مني السلام...).