يعد قسم الأملاك في العتبة العلوية المقدسة من الأقسام المهمة الذي يعمل على إدارة أملاك العتبة, إذ تأسس القسم في نهاية العام 2012 وكان واجب القسم في حينه استلام العقارات المستملكة والموقوفة والموهوبة للعتبة المقدسة, والتركيز على الإدارة المثلى لعقارات العتبة المقدسة الحالية وإضافة أكبر مساحة للأجزاء العبادية والمرافق التي تخدم زائري الإمام أمير المؤمنين (عليه السلام) أو فتح منافذ إيرادية لخدمة الحرم وزائريه الكرام. وقال رئيس قسم الأملاك عضو مجلس إدارة العتبة العلوية المقدسة, احمد الطالقاني, في تصريح لـ ( المركز الخبري ) ، إن" رؤية القسم هي التركيز على الإدارة المثلى لعقارات العتبة المقدسة الحالية والعمل على زيادة تلك العقارات وبالتالي إضافة أكبر مساحة للأجزاء العبادية والمرافق التي تخدم زائري مرقد أمير المؤمنين (عليه السلام) أو فتح منافذ إيراديه لخدمة الحرم وزائريه الكرام, والتعامل بكل إخلاص وتفان في المحافظة على الموقوفات والأملاك التابعة للعتبة المقدسة كونها تعود ملكيتها لصاحب المرقد الشريف".
 
 وأضاف, إنه" بعد أن أصبحت توسعة الحرم المقدس ضرورة خدمية حتمية لخدمة زائري الإمام أمير المؤمنين (عليه السلام)، فأصبح ضمن السياسات الإستراتيجية للأمانات العامة والإدارات المتعاقبة للعتبة العلوية المقدسة هو سياسة استملاك الأراضي لغرض المباشرة بتوسعة الحرم المقدس, فأصبح تأسيس قسم يدير ويحافظ على هذه الأملاك بعد أن يتم استملاكها من لجنة الاستملاكات في العتبة العلوية المقدسة ضرورة ملحة.
وتابع الطالقاني, إن" قسم الأملاك في العتبة العلوية المقدسة يتكون من ست شًعب، لكل شُعبة أعمالها وأهدافها الخاصة بها ومنها:
شُعبة العقارات: وهي من الشُعب المهمة في قسم الأملاك وتهتم بمتابعة العقارات المستملكة الموقوفة والموهوبة للعتبة العلوية المقدسة والعقارات المستلمة واستثمارها وتنظيم الأمور الخاصة بتلك العقارات. 
شُعبة الحسابات: مهام هذه الشُعبة تنظيم الأعمال الحسابية الخاصة بقسم إدارة الأملاك وتنظيم سندات الصرف والصكوك واستلام مبالغ الإيرادات وإيداعها.
شُعبة التدقيق: مهام شُعبة التدقيق هو تدقيق المعاملات الحسابية وتدقيق السلف الممنوحة إلى لجان المشتريات وسلف النشاط الخاصة بقسم إدارة الأملاك والرقابة على الأمور الحسابية بدور ضيافة العتبة المقدسة.
شُعبة الصيانة : مهام شُعبة الصيانة هو القيام بأعمال الصيانات الخاصة بالفنادق والعقارات التابعة للعتبة العلوية المقدسة من أعطال في الأجهزة وكل ما يتعلق بالفنادق والعقارات من صيانة.
شُعبة الذاتية: مهام شُعبة الذاتية هو تنظيم الأعمال الخاصة بقسم إدارة أملاك العتبة مع الأقسام التابعة للعتبة المقدسة وتسجيل الصادر والوارد والأوامر الإدارية ومتابعة البريد المستلم والبريد الخاص بالقسم.
شُعبة دور ضيافة العتبة : وهي من الشُعب المهمة في القسم تأخذ على عاتقها إدارة دور الضيافة التابعة للعتبة العلوية المقدسة وتقديم أفضل الخدمات لزائري أمير المؤمنين (عليه السلام).