يعمل قسم التدقيق والرقابة الداخلية على تطبيق القوانين والتعليمات المالية في التصرفات المالية والإدارية في العتبة العلوية المقدسة كافة, من أجل إحكام السيطرة على الموارد المالية والإيرادات المتحققة للوحدات الحسابية التابعة للعتبة, وتطبيق هذه التشكيلات للتعليمات المالية والمحاسبية ومدى التزامها بقرارات مجلس الإدارة والقوانين النافذة بما يحقق هدف الرقابة والتدقيق في الحفاظ على المال العام. وأوضح رئيس قسم التدقيق والرقابة الداخلية في العتبة العلوية المقدسة, ياسر محمد كاظم دوش, لـ (المركز الخبري) : إن القسم يتبنى مهام عدة منها: الإجابة على  الاستفسارات التي ترد من مختلف أقسام وتشكيلات العتبة المقدسة سواء كانت تحريرية او شفوية والتي تقع في ضمن اختصاص القسم, وتدقيق جميع التصرفات المالية الخاصة بالأمانة العامة للعتبة من مستندات الصرف والقيود والسجلات المحاسبية انتهاءً بموازين المراجعة والحسابات الختامية والموازنة السنوية, وإجراء عمليات التدقيق الميدانية على حسابات التشكيلات والوحدات التابعة للعتبة من خلال جولات ميدانية من قبل المدققين أنفسهم أو بموجب أوامر إدارية عن طريق لجان متخصصة  تشكل لهذا الغرض, فضلا عن تشكيل لجان تدقيق سريعة عند وجود اشكالات مالية".
وأضاف, ان" للقسم مهام اخرى يضطلع بها, ومنها: متابعة تصفية الملاحظات سواء التي كانت على الحسابات المركزية للعتبة او التشكيلات والوحدات التابعة لها من خلال تدقيق هذه الملاحظات وتدقيق تصفيتها من الاقسام ذات العلاقة وإصدار التعاميم والتوجيهات المالية والرقابية, المتابعة من قبل رئيس القسم للتقارير الشهرية التي تصدرها شُعب التدقيق الداخلي في القسم التي تتضمن مشكلات ومعوقات العمل المالي في هذه التشكيلات ومتابعة حل مثل هذه المشكلات وتصفيتها ، ومتابعة لجنة الجرد في العتبة المقدسة ومتابعة لجنة المطابقة ونتائج الجرد من خلال المدققين الكفوئين في القسم للجنة المطابقة, كذلك الاشتراك بجميع اللجان الإدارية من خلال عضوية المدققين في اللجان مثل لجنة احتساب مفردات الراتب وتسكين المنتسبين والحذف والإضافة وإضافة الخدمة وغيرها من المتغيرات في رواتب المنتسبين".
وتابع, دوش, ان" القسم يشارك في اللجان المالية والهندسية مثل لجان التضمين ولجان فتح وتحليل العطاءات للمقاولات سواء التي على حسابات الخطة الاستثمارية او المقاولات الصغيرة والمناقصات الداخلية على حساب الموازنة التشغيلية, ومتابعة أداء المدققين من خلال متابعة مدى الالتزام بتنفيذ القرارات والتعليمات والقوانين النافذة وتطبيق برامج التدقيق والرقابة, وتدقيق حسابات رواتب منتسبي العتبة شهريا بعد إكمالها من قسم الشؤون المالية".
وحول هيكلية القسم والشعب التابعة له, أوضح دوش, ان" لقسم التدقيق هيكلية خاصة ترتبط بالاختصاصات والمهام الموكلة إليه, من حيث النواحي الإدارية والمالية والالكترونية, إذ يتكون السلم الإداري من رئيس القسم ومعاون رئيس القسم وعدد من الشعب وهي كالآتي:
شُعبة تدقيق الموجودات والمخزونات والقيود والكشوفات المالية: وهي من الشُعب المهمة إذ تقوم بمراقبة وتدقيق حركة المخزون في كل مفاصل العتبة الداخل والخارج وترصيدها والسيطرة عليها ورفع كشوفات دورية ومستمرة للقسم وللأمانة العامة وهي الآن في طور إعداد سيطرة الكترونية متكاملة لجميع المخزون والموجود في العتبة ويضاف على عاتقها ايضاً تدقيق القيود والكشوفات المالية. شُعبة الإيرادات العامة: وهي من الشعب المهمة في قسم التدقيق ولها الدور الريادي وتقوم بمتابعة كل مورد من موارد العتبة المالية ومنها موارد الشباك المقدس والهدايا والنذور والتبرعات وترصيدها ومتابعة أبواب صرفها وكذلك الإيرادات الأخرى للأقسام والشُعب الإنتاجية ووضع الآليات والبرامج الحديثة لتلك الأقسام لتذليل العقبات وهي ايضاً بطور إعداد برنامج الكتروني متكامل لجميع الإيرادات وجميع الأقسام التي يرد منها إيراد مالي وعملها  ( مكتبي وميداني ) . شُعبة تدقيق المصاريف العامة: وهي الشُعبة التي يقع على عاتقها كل مصاريف العتبة العلوية المقدسة وهي من الشعب المهمة والمسؤولة عن صرف السلف والعقود وجميع أنواع عمليات الشراء من السلع التي تحتاجها العتبة المقدسة وهي تعمل على مدار الساعة دون توقف لكثافة العمل المستمر والدعم الكامل للجان المشتريات ورفدهم بآخر التعليمات المالية ومتابعة عملهم وتقييمهم ماليا وادارياً وتعمل أيضا على إعداد برامج الكترونية لتطوير العمل وعملها ( مكتبي وميداني ) . شعبة تدقيق المصاريف الهندسية والفنية: وهي شعبة مختصة بتدقيق الأمور الهندسية والفنية والصيانات المستمرة للآليات والمعدات من جانب, وصيانات الانشاءات من جانب آخر التي ينفذها قسم الهندسية وهي مسؤولة عن متابعة الاستحقاقات وترويج السلف وتقييمها ولديها برنامج متكامل يراقب جميع الصرف للأقسام الهندسية والفنية والورش وقسم المنقوشات وقسم التشغيل وقسم الآليات وشُعبة النجارة وشُعبة الكهرباء وشُعبة التبريد وعملها ( ميداني ومكتبي ) . شُعبة الذاتية : وهي  من الوحدات المهمة التي يقع على عاتقها اصدار جميع كتب المخاطبات (الصادر والوارد)  للشعب قبل عملية التدقيق وبعد التدقيق ، إذ تقوم بأرشفة جميع أعمال قسم التدقيق وتبويبها عن طريق برنامج أرشفة الكتروني متكامل لهذا الغرض وعملها مستمر دائماً كون أي أمر إداري أو قرار أو صرف مالي يوثق لديهم.. وختم رئيس القسم حديثة قائلا: إنه بحسب التطور الحاصل في العتبة العلوية المقدسة من النواحي الإدارية واتساع الأعمال التي تنفذها الأمانة العامة للعتبة المقدسة وكون العتبة المقدسة بتطور مستمر, وكذلك نتيجة للتطور الحاصل في قسم التدقيق ولكثرة الأعمال المناطة به سيتم استحداث وفتح  شُعب جديدة تابعة إلى القسم بحسب الاحتياجات والتخصصات المطلوبة.