كانت هناك منافرة شديدة بين الشيعة والمرجئة وسبب ذلك يرجع إلى اختلافهما في الخلافة فالشيعة ترى أن الامام بعد النبي (صلى الله عليه واله) مباشرة هو الامام أمير المؤمنين (عليه السلام) وترى أن الحكم الأموي غير شرعي ويجب القضاء عليه بينما ترى المرجئة أن حكومة الأمويين مشروعة ولا يدينون بالثورة عليهم وكان بين الطائفتين صراع حاد فكانت الشيعة تغيظ المرجئة بذكرها لعلي (عليه السلام) في أنديتها ومجالسها وفي ذلك يقول أحد شعراء الشيعة :

إذا المرجئ سرك أن تراه         يموت بدائه من قبل موته

فجدد عنده ذكرى علي            وصل على النبي وآل بيته

وقد عابت الشيعة على المرجئة حكمها بتقديم الخلفاء على الامام أمير المؤمنين (عليه السلام) واعتبرت ذلك من ضحالة الفكر وقد رد على الشيعة محارب بن دثار الذهلي أحد أعلام المرجئة وأئمتهم بقوله :

يعيب علي أقوام سفاها            بأن أرجو أبا حسن عليا

وارجائي أبا حسن صواب        عن العمران برا أو شقيا

فان قدمت قوما قال قوم :        أسأت وكنت كذابا رديا

إذا أيقنت أن الله ربي              وأرسل أحمدا حقا نبيا

وان الرسل قد بعثوا بحق                  وان الله كان لهم وليا

فليس علي في الأرجاء بأس      ولا لبس ولست أخاف شيا

وقد رد منصور النمري شاعر الشيعة ولسانهم على محارب بأبيات هجاء وقد عاب عليه أن يرجئ عليا لأنه بذلك إنما يرجئ نبيا من أنبياء الله يقول :

يود محارب لو قد رآها           وأبصرهم حواليها جثيا

وان لسانه من ناب أفعى          وما أرجى أبا حسن عليا

وان عجوزه مصعت بكلب        وكان دماء ساقيها جريا

متى ترجى أبا حسن عليا         فقد أرجيت يا لكع نبيا

وتعرضت المرجئة لنقد الشيعة وسخريتها فقد هزأت من حكم المرجئة بأرجاء الامام أمير المؤمنين والتسوية بينه وبين عثمان ومعاوية والخوارج يقول السيد الحميري :

خليلي لا ترجيا واعلما             بأن الهدى غير ما تزعمان

وان عمى الشك بعد اليقين       وضعف البصيرة بعد العيان

ضلال فلا تلججا فيهما            فبئست لعمر كما الخصلتان

أ يرجى على إمام الهدى          وعثمان ما أعند المرجيان

ويرجى ابن حرب وأشياعه       وهوج الخوارج بالنهروان

يكون إمامهم في المعاد           خبيث الهوى مؤمن الشيصان

لقد فندت الشيعة أفكار المرجئة التي فيها خروج عن المنطق والدليل.