الصلاة فهي عمود الدين وقربان كلّ تقي وقد شغف بها الإمام (عليه السلام) فلم يترك نافلة من النوافل إلاّ أتى بها وبلغ من شدّة اهتمامه بها أنّه أقامها في ليلة الهرير وهي من أكثر الأوقات محنة ومن أشدّها بلاء وقد أقامها بين الصفّين والسهام تأخذه يمينا وشمالا وقد عذله بعض أصحابه فردّ عليه إنّما قاتلناهم يعني أهل الشام من أجل الصلاة ويقول الرواة إنّه كان يقيم الصلاة في معظم الأوقات وقد قال حفيده الإمام زين العابدين الذي لا يضارعه أحد في عبادته وتقواه : أين عبادتي من عبادة جدّي أمير المؤمنين ؛ وكان الإمام إذا قام للصلاة يدعو بهذا الدعاء قبل أن يشرع بتكبيرة الإحرام :

يا محسن قد أتاك المسيء وقد أمرت المحسن أن يتجاوز عن المسيء وأنت المحسن وأنا المسيء فبحقّ محمّد وآل محمّد صلّ على محمّد وآل محمّد وتجاوز عن قبيح ما تعلم منّي .