من العلوم التي وضع اصولها وقواعدها الفلسفة الإلهيّة وهو أوّل من تبحّر فيها وتكلّم وفقا لطريقة الاستدلال الحرّ والبرهان المنطقي وتعرّض لمسائل فلسفية لم يتعرّض لها فلاسفة العالم في وقته فاهتم بهذا الشأن اهتماما بالغا وحتى في أحلك ساعات الحرب ؛ إذ أنّ اعرابيا قام إليه يوم الجمل فسأله :  يا أمير المؤمنين أتقول إنّ الله واحد , فحمل الناس عليه وقالوا : يا اعرابي أما ترى ما في أمير المؤمنين من تقسم القلب ؛ فقال أمير المؤمنين (عليه السلام) :  دعوه فإنّ الّذي يريده الأعرابي هو الّذي نريده من القوم ؛ ثمّ قال : إنّ القول في أنّ الله واحد على أربعة أقسام : فوجهان لا يجوزان على الله عزّ وجلّ ووجهان يثبتان فيه , فأمّا اللّذان لا يجوزان عليه : فقول القائل : واحد يقصد به باب الأعداد فهذا لا يجوز لأنّ ما لا ثاني له لا يدخل في باب الأعداد أما ترى أنّه كفر من قال : إنّه ثالث ثلاثة وقول القائل : هو واحد من النّاس يريد به النّوع من الجنس فهذا ما لا يجوز عليه لأنّه تشبيه وجلّ ربّنا عن ذلك وتعالى , وأمّا الوجهان اللّذان يثبتان فيه : فقول القائل : هو واحد ليس له في الأشياء شبه كذلك ربّنا , وقول القائل : إنّه عزّ وجلّ أحديّ المعنى يعنى به أنّه لا ينقسم في وجوه ولا عقل ولا وهم كذلك ربّنا عزّ وجلّ .