تحتوي المادة العضوية على نتروجين بنسب تختلف من أقل من جزء واحد حتى عدة أجزاء من مئة تبعاً للمتعضي ولنوع نُسُجه . ويكون معظم النتروجين فيها بصيغة حموض أمينية في البروتين. وحينما تتفكك المادة العضوية في الماء والتربة، ينطلق النتروجين أولا بصيغة مُرجَعة هي أيونات الأمونيوم أو الأمونيا تبعاً لعامل حموضة الوسط المحيط pH ويُعتبر تحويل النتروجين من صيغة عضوية إلى صيغة لاعضوية من المعدنة يسمى الأمونة (ammonification) تتصف روابط الكربون نوعاً والنتروجين بأنها سهلة الاستجابة للتفاعل نسبياً، ولذا يحصل التفاعل بسرعة:

بتعبير آخر، يُعتبر التفاعل الكلي تبسيطاً مفرطاً لما يحصل في الواقع، فإلى جانب أكسدة النتروجين المرجع، يحصل استيعاب لبعض النتروجين في بروتوبلازما الجرثوم لتكوين خلايا لها الصيغة التجريبية التقريبية C₅H₇O₂N . لكن هذا الاستيعاب يؤدي إلى استهلاك نحو 0.2% من النتروجين الأصلي، ولذا يكون معظم النترات الناتجة متاحاً لاستعمالات أخرى.