كروماتوغرافيا الورقة هي واحدة من ابسط أشكال الكروماتوغرافيا ومن أقدمها وتستعمل كروماتوغرافيا الورقة بشكل عام لفصل المركبات المحبة للماء مثل الأحماض الأمينية (كما ذكر آنفاً) والببتيدات والسكريات حيث الميكانيكية هي أساساً الانتشار بين الطور المتحرك السائل ومعقد السليلوز والماء. تستخدم في هذه التقنية ورقة الترشيح الاعتيادي التي تتكون من ألياف سيليلوزية (98-99 % ألفا- سليلوز) متميئة وتعطي تميزاً واضحاً وجيداً خلال الفصل إذ استناداً الى الخاصية الشعرية فأن المادة المذابة في المذيب تعتبر الطور المتحرك والحاوي على الخليط المراد فصله سوف يتحرك تصاعدياً أو تنازلياً (عند استخدام مذيبين مختلفين أو استخدام نظام مذيبات مختلفة وتعتبر الورقة هو الطور الثابت. فالمسافة التــــي يقطعها المذاب على الورقة مقسوماً على المسافة التي يقطعها المذيب تعطي قيمة R_F والتي تدعى بسر الجريان، فمثلاً لكل حامض أميني قيمة R_F ثابتة عند استخدام مذيب معين وبهذه الطريقة يمكــن فـصل وتشخيص الأحماض الأمينية في الخليط.