وتعد وحدة الفهرسة والتصنيف في مكتبة الروضة الحيدرية(القلب النابض), التي من خلالها يتم السيطرة على كل مقتنيات المكتبة، لذا اعتمدت مكتبة الروضة الحيدرية حالياً على نظام فهرسة محلي يعتمد على فهرسة الكتاب فهرسة موضوعية ثم وضعه في المكان المخصص له حسب الموضوع في القاعة العامة للمطالعة.

وفيما يخص البرنامج المعتمد في المكتبة، فقد تم اقتناء برنامج (كاوش) وهو برنامج متكامل ومتطور يدعم أغلب الأنظمة المتطورة المعمول بها عالمياً في مجال الفهرسة والتصنيف من قبيل (Congress + Dewey + النظام المحلي).

وقد اعتمد هذا البرنامج في أكثر من (3500) مركز ثقافي وديني في الجمهورية الإسلامية الإيرانية وفي بعض الدول الأخرى بحسب الإحصائية الواردة في موقع الشركة المصنعة للبرنامج, إذ انه من المستحيل الإلمام بما تضمه المكتبات من كتب ومحل وجودها دون الاستعانة بالأنظمة المخصصة للفهرسة والتصنيف واقتناء البرامج المخصصة لهذا الغرض.