يحدث مرض السلاق الفموي بسبب فرط نمو خميرة المبيضات البيضاء (C.albicans). من الطبيعي أن تعيش كمية صغيرة من الخميرة المبيضات في الفم دون التسبب في ضرر، فعندما يعمل الجهاز المناعي بشكل صحيح، تساعد البكتيريا المفيدة في الجسم على إبقاء هذه المبيضات البيضاء تحت السيطرة، ولكن إذا تعرض نظام المناعة للخطر أو عدم توازن الكائنات الحية الدقيقة في جسم، يمكن للفطريات أن تخرج عن نطاق السيطرة . قد يصاب المرء بنمو مفرط من كانديدا البيضاء الذي يسبب مرض السلاق الفموي إذا كان يتناول بعض الأدوية التي تقلل من عدد الكائنات الحية الدقيقة المفيدة في الجسم، مثل المضادات الحيوية . ويمكن أن تتسبب علاجات السرطان، بما في ذلك العلاج الكيميائي والعلاج الإشعاعي، في إتلاف الخلايا السليمة أو قتلها، وهو ما يجعل المريض أكثر عرضة للإصابة بمرض السلاق الفموي والالتهابات الأخرى. والحالات التي تُضعف جهاز المناعة، مثل اللوكيميا وفيروس نقص المناعة البشرية، تزيد أيضاً من خطر الإصابة بمرض السلاق الفموي. كما يمكن أن يساهم مرض السكر في الإصابة بمرض السلاق الفموي أيضاً، حيث يُضعف مرض السكر غير المنضبط جهاز المناعة ويسبب ارتفاع مستويات السكر في الدم، وهو ما يخلق ظروفاً مواتية لنمو C. albicans .