كانت في..[السنة الثامنة للهجرة] وقعة مؤتة، و هي قرية من قرى البلقاء في اراضي الشام، و ذلك انّ رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) بعث حارث بن عمير الازدي الى ملك بصرى بكتاب- و هي قصبة من قصبات الشام- فلمّا نزل مؤتة عرض له شرحبيل بن عمرو الغساني و كان من المقربين لقيصر، فأوثقه و قتله فلمّا بلغ ذلك رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) أمر الجيش بالاستعداد للحرب و أن يخرجوا الى أرض الجرف و ذهب (صلّى اللّه عليه و آله) معهم الى هناك و كانوا ثلاثة آلاف مقاتل، ثم عقد الراية البيضاء و أعطاها لجعفر بن ابي طالب و جعله أمير الناس فان قتل جعفر فزيد بن حارثة، فان أصيب زيد فعبد اللّه بن رواحة فان أصيب ابن رواحة فليرتض المسلمون بينهم رجلا فليجعلوه عليهم فقال نفر من اليهود: يا أبا القاسم ان كنت نبيا، فسيصاب من سمّيت، انّ الأنبياء من بني اسرائيل لو عدّوا مائة كذلك قتلوا أجمع.

و نزل جعفر من جواده و عقره و أخذ الراية بيده و هجم على الاعداء، فلمّا اشتد القتال حوصر جعفر بين الاعداء فقطعوا يده اليمنى، فأخذ الراية باليسرى و قاتل حتى اصيب من الامام بخمسين جرحا لم يكن واحد منها وراء ظهره، ثم قطعت شماله فأخذ الراية بساعديه و احتضنها حتى قتل، فلمّا سقطت الراية رفعها زيد بن حارثة و قاتل قتالا شديدا حتى قتل، فأخذها عبد اللّه بن رواحة بعده و قاتل حتى قتل.

والروايات في مدح جعفر كثيرة، فقد روى عن رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) انّه قال: «خلق الناس من اشجار شتّى و خلقت أنا و جعفر من شجرة واحدة» و قال (صلّى اللّه عليه و آله) لجعفر: «أشبهت خلقي و خلقي» .

وروى ابن بابويه عن الباقر (عليه السّلام )انّه قال: أوحى اللّه عز و جل الى رسوله (صلّى اللّه عليه و آله) انّي شكرت لجعفر بن أبي طالب أربع خصال، فدعاه النبي (صلّى اللّه عليه و آله) فأخبره، فقال: لو لا انّ اللّه تبارك و تعالى أخبرك ما أخبرتك، ما شربت خمرا قطّ، لانّي علمت إن شربتها زال عقلي، و ما كذبت قطّ، لان الكذب ينقص المروءة و ما زنيت قط لانّي خفت انّي اذا عملت عمل بي، و ما عبدت صنما قط لانّي علمت انّه لا يضر و لا ينفع، قال: فضرب النبي (صلّى اللّه عليه و آله) يده على عاتقه و قال: حقّ للّه تعالى أن يجعل لك جناحين تطير بهما مع الملائكة في الجنّة .

وفي حديث السجاد (عليه السّلام ) قال: ما من يوم أشدّ على رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) من يوم أحد، قتل فيه عمّه حمزة بن عبد المطّلب أسد اللّه و أسد رسوله و بعده يوم مؤتة، قتل فيه ابن عمّه جعفر بن أبي طالب‏ .