أعقبت حرب الجمل تمرّد معاوية على حكومة الإمام فقد فتحت له الأبواب لإعلان عصيانه المسلّح ناشرا لقميص عثمان مكيدة وإغراء للبسطاء الذين تلوّنهم الدعاية كيفما شاءت , لقد ابتلي الإمام كأشدّ ما يكون البلاء وأقساه بمعاوية الذي ما آمن بالله طرفة عين والتفّت حوله الرأسمالية القرشية التي أبت أن تجتمع النبوّة والخلافة في بيت واحد وقد قوى أمر معاوية واستحكم سلطانه فقد أمدّه الخليفة الثاني والثالث بجميع مقوّمات القوّة وزادا في رقعة سلطانه ونفوذه ويقول المؤرّخون : إنّ الخليفة الثاني كان يحاسب جميع عمّاله وولاته إلاّ معاوية وكان يقول فيه : هذا كسرى العرب! وعلى أي حال فالملتقى عند الله وهو الذي يحاسب عباده على ما اقترفوه في هذه الدنيا من شرّ وما ألحقوه بالأمة من الفتن والويلات لقد زحف معاوية بجيشه لمحاربة وصيّ رسول الله (صلى الله عليه واله) وباب مدينة علمه كما خرج أبوه في واقعة احد وغيرها لمحاربة رسول الله (صلى الله عليه واله) لمّا علم الإمام (عليه السلام) بخروجه لإسقاط حكومته زحف إليه بجيشه وأثرت عنه من الأدعية .

لمّا أراد الإمام (عليه السلام) الشخوص إلى حرب معاوية دعا بدابّته فلمّا جلس عليها قال : { إِذَا اسْتَوَيْتُمْ عَلَيْهِ وَتَقُولُوا سُبْحَانَ الَّذِي سَخَّرَ لَنَا هَذَا وَمَا كُنَّا لَهُ مُقْرِنِينَ } [الزخرف: 13] ثمّ قال : اللهمّ إنّي أعوذ بك من وعثاء السّفر وكآبة المنقلب والحيرة بعد اليقين وسوء المنظر في الأهل والمال والولد ؛ اللهمّ أنت الصّاحب في السّفر والخليفة في الأهل ولا يجمعهما غيرك لأنّ المستخلف لا يكون مستصحبا والمستصحب لا يكون مستخلفا .

ولمّا سارت جيوشه من النخيلة إلى الشام دعا (عليه السلام) بهذا الدعاء :

الحمد لله كلّما وقب ليل وغسق  والحمد لله غير مفقود الإنعام ، ولا مكافإ الإفضال وأشهد أن لا إله إلاّ الله ونحن على ذلكم من الشّاهدين وأشهد أنّ محمّدا عبده ورسوله (صلى الله عليه واله) .

ولمّا بدأ القتال في صفّين وزحف الإمام باللواء دعا بهذا الدعاء بعد البسملة :

لا حول ولا قوّة إلاّ بالله العليّ العظيم اللهمّ إيّاك نعبد وإيّاك نستعين يا الله يا رحمان يا رحيم يا أحد يا صمد يا إله محمّد إليك نقلت الأقدام وأفضت القلوب وشخصت الأبصار ومدّت الأعناق وطلبت الحوائج ورفعت الأيدي ؛ اللهمّ افتح بيننا وبين قومنا بالحقّ وأنت خير الفاتحين لا إله إلاّ الله والله أكبر لا إله إلاّ الله والله أكبر لا إله إلاّ الله والله أكبر .

من أدعية الإمام هذا الدعاء الجليل وقد دعا به في صفّين وهذا نصّه :

اللهمّ ربّ هذا السّقف المرفوع المكفوف المحفوظ الّذي جعلته مغيض اللّيل والنّهار وجعلت فيها مجاري الشّمس والقمر ومنازل الكواكب والنّجوم وجعلت ساكنه سبطا من الملائكة لا يسأمون العبادة ؛ وربّ هذه الأرض الّتي جعلتها قرارا للنّاس والأنعام والهوامّ وما نعلم وما لا نعلم ممّا يرى وممّا لا يرى من خلقك العظيم وربّ الجبال الّتي جعلتها للأرض أوتادا وللخلق متاعا وربّ البحر المسجور المحيط بالعالم وربّ السّحاب المسخّر بين السّماء والأرض وربّ الفلك الّتي تجري في البحر بما ينفع النّاس إن أظفرتنا على عدوّنا فجنّبنا الكبر وسدّدنا للرّشد وإن أظفرتهم علينا فارزقنا الشّهادة واعصم بقيّة أصحابي من الفتنة .

وتناول هذا الدعاء الفضاء الخارجي وما أودع الله فيه من روائع التكوين ففيه مجاري الشمس والقمر ومنازل المجرّات التي لا يحصي ما فيها من النجوم والكواكب إلاّ الله وقد حار الفكر وذهل علماء الفضاء بما اكتشفوه من العجائب التي يقف العقل أمامها حائرا وهو حسير فقد اكتشفت السفن الفضائية الدقّة الهائلة في مسيرة الكواكب ودورانها في فلكها وسعة بعضها بما لا يعلمه إلاّ الله كما حفل هذا الدعاء بذكر الأرض وما احتوت من الجبال التي جعلها الله أوتادا لها والبحار المحيطة بها وغير ذلك ممّا حوته الأرض فسبحان الله الخالق العظيم.

ومن أشدّ أيام صفّين هولا وأكثرها محنة وبلاء هي ليلة الهرير ويومه فقد اشتدّ القتال بين الفريقين كأعظم ما يكون وكان كالصاعقة دوي وقع السيوف وأعمدة الحديد وصيحات المحاربين وسمع الإمام (عليه السلام) في تلك الليلة يدعو بهذا الدعاء :

اللهمّ إنّي أعوذ بك من أن اضام في سلطانك.

اللهمّ إنّي أعوذ بك أن أضلّ في هداك.

اللهمّ إنّي أعوذ بك أن أفتقر في غناك.

اللهمّ إنّي أعوذ بك أن أضيع في سلامتك.

اللهمّ إنّي أعوذ بك أن اغلب والأمر لك وإليك .

دعا الإمام (عليه السلام) بهذا الدعاء في يوم الهرير وهو من أثقل الأيام وأشدّها محنة وبلاء وهذا نصّه :

يا الله يا رحمان يا واحد يا صمد يا إله محمّد ؛ اللهمّ إليك نقلت الأقدام وأفضت القلوب ورفعت الأيدي وامتدّت الأعناق وشخصت الأبصار وطلبت الحوائج ؛ اللهمّ إنّا نشكو إليك غيبة نبيّنا (صلى الله عليه واله) وكثرة عدوّنا وتشتّت أهوائنا ربّنا افتح بيننا وبين قومنا بالحقّ وأنت خير الفاتحين .

هذه بعض أدعية الإمام التي كان يدعو بها في ساحات الحروب وهي تحكي مدى ألمه ومحنته .