الصلاة معراج المؤمن و قربان كل تقي و كانت الصلاة من أهم الرغبات النفسية للإمام (عليه السلام)  فقد اتخذها معراجا ترفعه إلى اللّه و تسمو به إلى الاتصال بخالق الكون و واهب الحياة و كانت تأخذه رعدة إذا أراد الشروع في الصلاة فقيل له في ذلك فقال: أ تدرون بين يدي من أقوم و من أناجي؟ .

كان الإمام إذا أراد الصلاة تطيب من قارورة كان قد جعلها في مسجد صلاته‏ فكانت روائح المسك تعبق منه ؛ و كان الإمام (عليه السلام) إذا أراد الصلاة لبس الصوف و اغلظ الثياب‏ مبالغة منه في اذلال نفسه أمام الخالق العظيم.

أما صلاة الإمام (عليه السلام) فكانت تمثل الانقطاع التام إلى اللّه تعالى و التجرد من عالم الماديات فكان لا يحس بشي‏ء من حوله بل لا يحس بنفسه فقد تعلق قلبه باللّه و وصفه الرواة في حال صلاته فقالوا: كان إذا قام إلى الصلاة غشى لونه بلون آخر و كانت اعضاؤه ترتعد من خشية اللّه و كان يقف في صلاته موقف العبد الذليل بين يدي الملك الجليل و كان يصلي صلاة مودع يرى أنه لا يصلي بعدها أبدا و تحدث الإمام الباقر عن خشوع أبيه في صلاته فقال: كان علي بن الحسين إذا قام في الصلاة كأنه ساق شجرة لا يتحرك منه شي‏ء إلا ما حركت الريح منه‏ و نقل أبان بن تغلب إلى الإمام الصادق (عليه السلام) صلاة جده الإمام زين العابدين (عليه السلام)  فقال له: إني رأيت علي بن الحسين إذا قام في الصلاة غشي لونه لونا آخر , و بهر الإمام الصادق (عليه السلام) فقال: و اللّه ان علي بن الحسين كان يعرف الذي يقوم بين يديه .

أجل و اللّه انه كان على معرفة تامة بعظمة الخالق الحكيم فكانت عبادته له عن معرفة و طاعته له عن إيمان.

و كان من مظاهر خشوعه في صلاته انه إذا سجد لا يرفع رأسه حتى يرفض عرقا أو كأنه غمس في الماء من كثرة دموعه و بكائه‏ و نقل الرواة عن أبي حمزة الثمالي أنه رأى الإمام قد صلى فسقط الرداء عن أحد منكبيه فلم يسوه فسأله أبو حمزة عن ذلك فقال له: و يحك أ تدري بين يدي من كنت؟ ان العبد لا يقبل من صلاته إلا ما أقبل عليه منها بقلبه‏ .

و بلغ من شدة تعلقه باللّه في حال صلاته أن ابنا له سقط في بئر ففزع أهل المدينة فانقذوه و كان الإمام قائما يصلي في محرابه و لم يشعر بذلك و لما انتهى من صلاته قيل له بذلك فقال: ما شعرت إني كنت أناجي ربا عظيما .

و وقع حريق في بيته و كان مشغولا في صلاته فلم يعن به و لما فرغ من صلاته قيل له في ذلك فقال: الهتني عنها النار الكبرى‏ و فسر عبد الكريم القشيري هذه الظاهرة المذهلة التي كانت ملازمة للإمام حال صلاته بأنها من باب غيبة القلب عن علم ما يجري من أحوال الخلق لاشتغال الحس بما ورد عليه ؛ انه قد يغيب القلب عن إحساسه بنفسه و غيره بوارد من تذكر ثواب أو تفكر عقاب‏ .

و أجمع المترجمون للإمام (عليه السلام)  أنه كان يصلي في اليوم و الليلة ألف ركعة و أنه كانت له خمسمائة نخلة فكان يصلي عند كل نخلة ركعتين‏ و نظرا لكثرة صلاته فقد كانت له ثفنات في مواضع سجوده كثفنات البعير و كان يسقط منها في كل سنة فكان يجمعها في كيس و لما توفي دفنت معه‏ .

و لم تفته نافلة من النوافل طيلة حياته و كان يقضي ما فاته من صلاة النهار بالليل و كان يوصي ابناءه بذلك و يقول لهم: يا بني ليس هذا عليكم بواجب و لكن أحب لمن عود نفسه منكم عادة من الخير أن يدوم عليها .

إن أقرب ما يكون العبد من ربه هو في حال سجوده و كان الإمام زين العابدين (عليه السلام) كثير السجود للّه خضوعا له و تذليلا أمامه و يقول الرواة: إنه خرج مرة إلى الصحراء فتبعه مولى له فوجده ساجدا على حجارة خشنة فأحصى عليه ألف مرة يقول: لا إله إلا اللّه حقا حقا لا إله إلا اللّه تعبدا ورقا لا إله إلا اللّه إيمانا و صدقا , و كان يسجد سجدة الشكر و يقول فيها: مائة مرة الحمد للّه شكرا و بعدها يقول: يا ذا المن الذي لا ينقطع أبدا و لا يحصيه غيره عددا و يا ذا المعروف الذي لا ينفذ أبدا يا كريم يا كريم و يتضرع بعد ذلك و يذكر حاجته‏ .

و كان دوما مشغولا بذكر اللّه و تسبيحه و حمده و كان يسبح اللّه بهذه الكلمات المشرقة : سبحان من أشرق نوره كل ظلمة سبحان من قدر بقدرته كل قدرة سبحان من احتجب عن العباد بطرائق نفوسهم فلا شي‏ء يحجبه سبحان اللّه و بحمده‏ .