قبض ابو جعفر الجواد (عليه السلام) مسموماً ببغداد في آخر ذي القعدة سنة 220 عشرين ومئتين وهو ابن خمس وعشرين سنة ودفن بمقابر قريش في ظهر جده موسى بن جعفر (عليه السلام) وعن ابي الحسن الهادي (عليه السلام) في جواب من سأله عن فضل زيارة الحسين وزيارتهما (عليهم السلام) : ابو عبد اللّه المقدم، وهذان اجمع واعظم اجراً.

وكان سبب وروده بغداد، إشخاص المعتصم له من المدينة، فورد اليها لليلتين بقيتا من المحرم سنة عشرين ومئتين ؛  روى الشيخ المفيد عن اسماعيل بن مهران قال : لما خرج ابو جعفر (عليه السلام) من المدينة الى بغداد في الدفعة الأولى من خرجته قلت له عند خروجه : جعلت فداك اني اخاف عليك في هذا الوجه، فألى من الأمر بعدك؟ .

 قال فكرَّ اليّ بوجهه ضاحكاً وقال لي : ليس حيث كما ظننت في هذه السنة، فلما استدعى به المعتصم صرت اليه فقلت له : جعلت فداك انت خارج فألى من هذا الأمر من بعدك ؟ فبكى حتي اخضلَّت لحيته، ثم التفت اليّ فقال عند هذه تخاف عليّ، الأمر من بعدي الى ابني عليّ وروى ان زوجته ام الفضل سمته .

وفي البحار، عن تفسير العياشي، عن زرقان صاحب ابن ابي داود وصديقه بشدة، قال رجع ابن ابي داود ذات يوم من عند المعتصم وهو مغتم، فقلت له في ذلك، فقال وددت اليوم انّي قد مت منذ عشرين سنة، قال قلت له ولم ذاك ؟.

قال لما كان من هذا الاسود، أبو جعفر محمد بن علي بن موسى اليوم بين يدي امير المؤمنين، قال : قلت له وكيف كان ذلك ؟.

 قال ان سارقاً اقر على نفسه بالسرقة وسأل الخليفة تطهيره بإقامة الحد عليه، فجمع لذلك الفقهاء في مجلسه، وقد احضر محمد بن علي (عليه السلام)، فسألنا عن القطع في أي موضع يجب ان يقطع ؟ .

قال فقلت من الكرسوع قال وما الحجة في ذلك ؟ قال قلت لأن اليد هي الاصابع والكف الى الكرسوع، لقول اللّه في التيميم فامسحوا بوجوهكم وايديكم واتفق معي في ذلك قوم، وقال آخرون بل يجب القطع من المرفق، قال وما الدليل على ذلك ؟ قالوا لأن اللّه لما قال : وايديكم الى المرافق في الغسل دل ذلك على ان حد اليد هو المرفق، قال فالتفت الى محمد بن عليّ (عليه السلام) قال ما تقول في هذا يا ابا جعفر ؟ فقال قد تكلم القوم فيه يا امير المؤمنين، قال دعني مما تكلموا به ، أي شيء عندك ؟ قال اعفني عن هذا يا امير المؤمنين، قال اقسمت عليك باللّه لما اخبرت بما عندك فيه، فقال اما إذ أقسمت عليّ باللّه اني اقول انهم اخطأوا فيه السنة، فان القطع يجب ان يكون من مفصل اصول الأصابع فيترك الكف، قال : وما الحجة في ذلك ؟ قال قول رسول اللّه السجود على سبعة اعضاء الوجه واليدين والركبتين والرجلين، فاذا قطعت يده من الكرسوع او المرفق لم يبق له يد يسجد عليها، وقال اللّه تبارك وتعالى : وان المساجد للّه يعني بها هذه الأعضاء السبعة التي يسجد عليها : فلا تدعوا مع اللّه احداً وما كان للّه لم يقطع قال : فاعجب المعتصم ذلك وأمر بقطع يد السارق من مفصل الاصابع دون الكف، قال ابن ابي داود قامت قيامتي وتمنيت اني لم اك حياً، قال زرقان، قال ابن ابي داود : صرت الى المعتصم بعد ثلاثة فقلت ان نصيحة امير المؤمنين علي واجبة وانا اكلمه بما اعلم اني ادخل به النار، قال وما هو ؟ قلت اذا جمع امير المؤمنين في مجلسه فقهاء رعيته وعلماءهم لأمر واقع من امور الدين، فسألهم عن الحكم فيه فاخبروه بما عندهم من الحكم في ذلك، وقد حضر مجلسه اهل بيته وقواده ووزراؤه وكتابه، وقد تسامع الناس بذلك من وراء بابه ثم يترك اقاويلهم كلهم، لقول رجل يقول شطر هذه الأمة بإمامته، ويدعون انه اولى منه بمقامه، ثم يحكم بحكمه دون حكم الفقهاء، قال فتغير لونه وانتبه لما نبهته له، وقال جزاك اللّه عن نصيحتك خيراً، قال : فأمر اليوم الرابع فلاناً من كتاب وزرائه بان يدعوه الى منزله، فدعاه فأبى ان يجيبه وقال قد علمت اني لا احضر مجالسكم، فقال انّي انما ادعوك الى الطعام واحب ان تطأ ثيابي وتدخل منزلي فأتبرك بذلك، فقد احب فلان بن فلان من وزراء الخليفة لقاءك، فصار اليه، فلما طعم منها احس السم فدعا بدابته فسأله رب المنزل ان يقيم، قال خروي من دارك خير لك، فلم يزل يومه ذلك وليله في حلقه حتى قبض (عليه السلام).

وفي اثبات الوصية قال لما انصرف ابو جعفر (عليه السلام) الى العراق لم يزل المعتصم وجعفر بن المأمون يدبِّران ويعملان الحيلة في قتله (عليه السلام)، فقال جعفر لأخته ام الفضل وكانت لأمه وابيه في ذلك، لأنه وقف على انحرافها عنه وغيرتها عليه لتفضيله ام ابي الحسن ابنه (عليه السلام) عليها مع شدة محبتها له ولأنها لم ترزق منه ولداً، فاجابت اخاها جعفراً وجعلوا سماً في شيء من عنب رازقي وكان يعجبه العنب الرازقي، فلما اكل منه ندمت وجعلت تبكي، فقال لها ما بكاؤك ؟ واللّه ليضربنك بفقر لا ينجي لا ينجبر وبلاء لا يتستر فبليت بعلة في اغمض المواضع في جوارحها صار ناسوراً ينتقض عليها في وقت، فأنفقت ما لها وجميع ملكها على العلة، حتى احتاجت الى رفد الناس، ويروى ان الناسور كان في فرجها، وترّدى جعفر بن المأمون في بئر فاخرج ميتاً، وكان سكراناً .