الشيخ شمس الدين بن جمال الدين البهبهاني توفي في شهر رمضان سنة 1248 بالمشهد الرضوي ودفن فيه قال في فردوس التواريخ: العالم الرباني والفقيه الصمداني والحكيم الإلاهي صنف في كل علم من العلوم الشرعية ولم تر عين الزمان نظيره في العلوم النقلية والعقلية الحبر النحرير اللوذعي شيخي ومولاي شمس الدين بن جمال الدين البهبهاني وهو زاهد محب رباني قرأ على جماعة من العلماء العظام مثل الآقا البهبهاني وبحر العلوم الطباطبائي وميرزا مهدي الشهرستاني وصاحب الرياض.
ولكنه كان في المشهد المقدس الرضوي كالغريب اعتزل في زاوية وسد عن المترددين بابه واشتغل في حجرته التي في الصحن العتيق مقابل القبة المطهرة بتحرير الفقه والأصول وصنف كتبا كثيرة في الفقه والأصول والكلام والعلوم الأدبية وكنت اشتغل في خدمته وأقرأ عليه وكان في الزهد بحيث أن جميع لباسه لا يوازي خمسة دراهم ويطوي بعض الأيام جوعا والكتاب أمامه وينظر إلى القبة ويتلو هذه الآية: أم من يجيب المضطر إذا دعاه وتجري دموعه فإذا حصل بيده شئ اشترى به خبزا وأكله ثم يشتغل بتحرير الفقه والأصول ثم يشتغل بالهمهمة حتى إذا تكلم أحد في الحجرة لا يسمع كلامه ولا يكون مانعا له عن التأليف وكان فيما عدى وقت الصلاة   يشتغل بالتحرير من الصبح إلى المغرب ولا يشتغل بأمر من أمور الإمامة في الصلاة والقضاء والتدريس وكان في كمال الزهد والورع والفقر وإذا اتى له بعض الناس بطعام لذيذ أو لباس أعطاه للفقراء أو لعياله وأولاده ولم يأكل منه ولا يدرس لاحد الا للفقير.
له من المؤلفات :
1- شرح معالم الأصول خمسة مجلدات.
2- حاشية القوانين مجلدان.
3- حاشية المطول.
4- جواهر الكلام في أصول عقائد الاسلام.
وله مؤلفات في النحو والصرف والبيان ورسائل متفرقة.
وفي مطلع الشمس كان من المحققين المجاورين في المشهد المقدس قرأ على الوحيد البهبهاني وميرزا مهدي الشهرستاني وبحر العلوم وصاحب الرياض وبعد تكميل العلوم الشرعية في بلاد شتى جاء إلى خراسان وسكن في إحدى حجرات الصحن العتيق واشتغل بالعبادة والتصنيف.
وفي مسودة الكتاب: عالم فاضل زاهد فقيه حكيم قرأ على الآغا البهبهاني وبحر العلوم الطباطبائي وميرزا مهدي الشهرستاني وصاحب الرياض وتوطن في المشهد المقدس في الصحن العتيق في الحجرة المقابلة للقبة المطهرة واعتزل عن الناس وانقطع إلى التأليف وبقي في تلك الحجرة نحو خمسين سنة يؤلف ويدرس وقد ذكر أحواله تلميذه الفاضل السطامي في فردوس التواريخ له مؤلفات كثيرة في الفقه والأصول والكلام منها شرح المعالم وحواشي القوانين والمطول ورسالة في أصول الدين وغير ذلك.