بعد أن قام كوجلك خان بأسر الجورخان القراخطائي في سنة 607هـ، دب الخلاف بينه وبين السلطان محمد خوارزمشاه حول تقسيم ممالك القراخطائيين. وبعد أن أوفد خوارزمشاه مبعوثيه إلى كوچلك عدة مرات دون جدوى، خرج بجيش نحو بلاد القراخطائيين ونهب جيش كوچلك خان وخزائنه. ولما كان كوچلك يسعى إلى تطهير ولاية كاشغر من معارضيه وخصومه، فقد قصد کاشغر وتركستان الشرقية وظل في حالة صدام مع أهلها لمدة ثلاث سنوات متصلة (607 - 611هـ)؛ واضطر الأهالي للخضوع له على أثر وقوع قحط في البلاد. وكان جيش خوارزمشاه قد وصل إلى مدينة بيش باليغ في تلك الآونة، وكان من المفترض أن يدافع جنده عن مسلمي كاشغر وختن ويصدوا عنهم بطش جنود كوچلك، إلا أنهم لم يفعلوا ذلك حيث تجنبوا الاحتكاك بجيش كوچلك. ونظراً لخوف السلطان محمد من أن يقوم كوچلك خان بالاستيلاء على الولايات الشمالية لما وراء النهر، فقد أمر بتهجير أهالي بلاد اسبيجاب وفرغانة وتشاش وكاسان من ديارهم وتوطينهم في مدن أخرى، ثم أمر بتخريب هذه المدن حتى لا تقع في أيدي أتباع كوچلك. وفي شتاء سنة 612هـ، أمر السلطان محمد خوارزمشاه بمدينة جند (بالقرب من نهر سيحون وقبالة بلاد تركستان) قاصداً صحراء قرغيز موطن عشائر القبچاق. وهناك وجد فرقة من جنود جنكيز كانوا قد جاءوا بقيادة ابنه توشي (جوجي) بغرض مطاردة المتمردين التتار. ولم يكن توشي وسائر قواد التتار يميلون إلى قتال المسلمين. لذا فقد أرسلوا رسالة إلى السلطان محمد ينبئونه فيها أنهم لم يوفدوا من قبل خان التتار إلا لصد المتمردين ومطاردة الفارين. فتلبس الغرور خوارزمشاه فرد بأن الكفار عنده جميعاً سواء وكلهم أعداء للمسلمين، وأصدر أمراً بمهاجمة جند جنكيز. ولم تسفر المعركة بين التتار وجنود خوارزمشاه عن نتيجة فقد أبدى أتباع جنكيز بسالة بالنهار ولكنهم لاذوا بالفرار ليلاً، وعاد خوارزمشاه إلى سمرقند في صيف 613 هـ. كانت هذه الموقعة أول صدام بين جيش السلطان محمد خوارزمشاه وجيش جنكيز؛ ومع أنها لم يكن لها طابع الحرب الرسمية ولم تكن على قدر كبير من الأهمية، فقد كان لها تأثير كبير على فكره، فقد أظهرت له القوة العسكرية للمغول. وكان ذلك من الأسباب التي أجبرت خوارزمشاه على التقهقر وتجنب مواجهة هؤلاء القوم على أرض القتال.