من المتفق عليه انّ الامام (عليه السلام) توفي سنة 254هـ ، وحصل الاختلاف في يوم وفاته، فذهب بعض العلماء إلى انّها كانت في اليوم الثالث من شهر رجب فعلى القول بانّ ولادته وقعت في سنة 212هـ يكون عمره (عليه السلام) حين الوفاة 42 سنة، وتوفى أبوه وهو ابن ثمان سنين وخمسة أشهر، فانتقلت الخلافة والامامة إليه، وكانت مدّة امامته 33 سنة .

قال العلامة المجلسي: أقام (عليه السلام) حوالي ثلاث عشرة سنة بالمدينة الطيبة ثم دعاه المتوكل إلى سر من رأى، فمكث فيها عشرين سنة ودفن في البيت الذي كان ساكنا فيه‏ .

يقول المؤلف: بناء على الرواية التي تقول انّ المتوكل استدعى الامام (عليه السلام) إلى سرّ من رأى في سنة 243هـ، تكون مدّة اقامته بها إحدى عشرة سنة، وعلى قول المسعودي تكون تسع عشرة سنة، ولقد أدرك من خلفاء بني العباس المأمون والمعتصم والواثق والمتوكل والمنتصر والمستعين والمعتز، واستشهد في ايّام المعتز بالسّم .

قال المسعودي في مروج الذهب: حدّثني محمد بن الفرج بمدينة جرجان في المحلّة المعروفة ببئر أبي عنان، قال: حدّثني أبو دعامة، قال: أتيت عليّ بن محمد بن عليّ بن موسى عائدا في علّته التي كانت وفاته منها في هذه السنة، فلمّا هممت بالانصراف قال لي: يا أبا دعامة قد وجب حقك أ فلا أحدّثك بحديث تسرّ به؟

قال: فقلت له: ما أحوجني إلى ذلك يا ابن رسول اللّه، قال: حدّثني أبي محمد بن عليّ، قال: حدّثني أبي علي بن موسى، قال: حدّثني أبي موسى بن جعفر، قال: حدّثني أبي جعفر بن محمد، قال: حدّثني أبي محمد بن عليّ، قال: حدّثني أبي عليّ بن الحسين، قال: حدّثني أبي الحسين بن عليّ، قال: حدّثني أبي عليّ بن أبي طالب (عليه السلام) ، قال: قال رسول اللّه: اكتب يا عليّ، قال: قلت: وما اكتب؟

قال لي: اكتب، بسم اللّه الرحمن الرحيم، الايمان ما وقرته القلوب، وصدقته الأعمال، والاسلام ما جرى به اللسان وحلّت به المناكحة .

قال أبو دعامة: فقلت: يا ابن رسول اللّه ما أدري واللّه أيّهما أحسن، الحديث أم الاسناد ؟

فقال: انّها لصحيفة بخطّ عليّ بن أبي طالب بإملاء رسول اللّه (صلى الله عليه واله) نتوارثها صاغرا عن كابر .

روى الشيخ الطبرسي عن أبي هاشم الجعفري (رحمه اللّه) انّه أنشد اشعارا في الامام وقد اعتلّ (عليه السلام) :

مادت الأرض بي وادّت فؤادي‏                      واعترتني موارد العرواء

حين قيل الامام نضو عليل‏                        قلت نفسي فدته كلّ الفداء

مرض الدّين لاعتلالك واعتلّ‏                        وغارت له نجوم السّماء

عجبا إن منيت بالداء والسقم‏                        وأنت الامام حسم الداء

أنت آسي الأدواء في الدين و                        الدنيا ومحيي الأموات والأحياء

وقد سمّه المعتمد العباسي أخو المعتز على رواية الشيخ الصدوق وآخرين ولم يكن عنده حين وفاته غير ابنه الامام الحسن العسكري (عليه السلام) ، فلمّا توفي حضر جميع الأشراف والأمراء، وشقّ الامام العسكري (عليه السلام) جيبه ثم انصرف إلى غسله وتكفينه ودفنه، ودفنه في الحجرة التي كانت محلّا لعبادته ؛ واعترض بعض الجهلة الحمقى على الامام في انّ شق الجيب لا يناسب شأنك، فوقّع (عليه السلام) إلى من قال ذلك: يا أحمق ما يدريك ما هذا، قد شقّ موسى على هارون (عليهما السّلام) ‏.

قال الشيخ الأجل عليّ بن الحسين المسعودي (رحمه اللّه) في اثبات الوصية: وحدثنا جماعة كلّ واحد منهم يحكي انّه دخل الدار وقد اجتمع فيها جملة من بني هاشم من الطالبيين والعباسيين واجتمع خلق من الشيعة ولم يكن ظهر عندهم أمر أبي محمد (عليه السلام) ولا عرف خبرهم الّا الثقات الذين نص أبوالحسن عندهم عليه .

فحكوا انّهم كانوا في مصيبة وحيرة فهم في ذلك إذ خرج من الدار الداخلة خادم فصاح بخادم آخر يا رياش خذ هذه الرقعة وامض بها إلى دار أمير المؤمنين وادفعها إلى فلان وقل له: هذه رقعة الحسن بن عليّ .

فاستشرف الناس لذلك، ثم فتح من صدر الرواق باب وخرج خادم أسود ثم خرج بعده أبومحمد (عليه السلام) حاسرا مكشوف الرأس، مشقوق الثياب وعليه مبطنة بيضاء، وكان وجهه وجه أبيه (عليه السلام) لا يخطئ منه شيئا وكان في الدار أولاد المتوكل وبعضهم ولاة العهود، فلم يبق أحد الّا قام على رجله ووثب إليه أبومحمد الموفق، فقصده أبومحمد (عليه السلام) ، فعانقه، ثم قال له: مرحبا يا ابن العم، وجلس بين بابي الرواق والناس كلّهم بين يديه، وكانت الدار كالسوق بالأحاديث، فلمّا خرج وجلس امسك الناس، فما كنّا نسمع شيئا الّا العطسة والسعلة وخرجت جارية تندب أبا الحسن (عليه السلام) ، فقال أبومحمد (عليه السلام) : ما هاهنا من يكفي مئونة هذه الجاهلة؟ فبادر الشيعة إليها، فدخلت الدار ؛ ثم خرج خادم فوقف بحذاء أبي محمد (عليه السلام) ، فنهض (صلى اللّه عليه) واخرجت الجنازة وخرج يمشي حتى اخرج بها إلى الشارع الذي بازاء دار موسى بن بقا، وقد كان أبومحمد صلى عليه قبل أن يخرج إلى الناس وصلّى عليه لما اخرج المعتمد، ثم دفن في دار من دوره‏ .

وروى المسعودي أيضا في مروج الذهب: وكانت وفاة أبي الحسن عليّ بن محمد بن عليّ بن موسى بن جعفر بن محمد في يوم الاثنين لأربع بقين من جمادي الآخرة سنة أربع وخمسين ومائتين وهو ابن أربعين سنة، وقيل ابن اثنتين وأربعين سنة وسمع في جنازته جارية تقول: ما ذا لقينا في يوم الأثنين قديما وحديثا؟ واشارت بهذا إلى يوم وفاة النبي (صلى الله عليه واله) وغصب الخلافة من قبل المنافقين والبيعة التي عمّ شؤمها الاسلام، ولا يبعد أنّ هذه الجارية هي التي سمع الامام (عليه السلام) ندبتها ولم يستحسن ذلك لكون كلامها خلاف التقية .

 وقال المسعودي أيضا في اثبات الوصية: واشتدّ الحرّ على أبي محمد (عليه السلام) وضغطة الناس في طريقه و منصرفه من الشارع بعد الصلاة عليه، فصار في طريقه إلى دكان لبقال رآه‏ مرشوشا، فسلّم عليه واستأذنه في الجلوس، فاذن له وجلس ووقف الناس حوله .

فبينا نحن كذلك إذ أتاه شاب حسن الوجه، نظيف الكسوة على بغلة شهباء على سرج ببرذون أبيض قد نزل عنه فسأله ان يركبه، فركب حتى أتى الدار ونزل وخرج في تلك العشية إلى الناس ما كان يخرج‏  عن أبي الحسن (عليه السلام) حتى لم يفتقدوا منه الّا الشخص‏ .