من كتاب الدلائل عن أمية بن علي قال كنت مع أبي الحسن بمكة في السنة التي حج فيها ثم صار إلى خراسان و معه أبو جعفر و أبو الحسن يودع البيت فلما قضى طوافه عدل إلى المقام فصلى عنده فصار أبو جعفر على عنق موفق يطوف به فصار أبو جعفر إلى الحجر فجلس فيه فأطال فقال له موفق قم جعلت فداك فقال ما أريد أن أبرح من مكاني هذا إلا أن يشاء الله و استبان في وجهه الغم فأتى موفق أبا الحسن فقال له جعلت فداك قد جلس أبوجعفر في الحجر و هو يأبى أن يقوم فقام أبو الحسن فأتى أبا جعفر فقال قم يا حبيبي فقال ما أريد أن أبرح من مكاني هذا قال بلى يا حبيبي ثم قال كيف أقوم و قد ودعت البيت وداعا لا ترجع إليه فقال له قم يا حبيبي فقام معه .

وعن ابن بزيع العطار قال :قال أبو جعفر الفرج بعد المأمون بثلاثين شهرا قال فنظرنا فمات بعد ثلاثين شهرا ؛ وعن معمر بن خلاد عن أبي جعفر أو عن رجل عن أبي جعفر الشك من أبي علي قال :قال أبو جعفر يا معمر اركب قلت إلى أين قال اركب كما يقال لك قال فركبت فانتهيت إلى واد أو إلى وهدة الشك من أبي علي فقال لي قف هاهنا قال فوقفت فأتاني فقلت له جعلت فداك أين كنت قال دفنت أبي الساعة و كان بخراسان قال القاسم بن عبد الرحمن و كان زيديا قال خرجت إلى بغداد فبينا أنا بها إذ رأيت الناس يتعادون و يتشرفون و يقفون فقلت ما هذا فقالوا ابن الرضا فقلت و الله لأنظرن إليه فطلع على بغل أو بغلة فقلت لعن الله أصحاب الإمامة حيث يقولون إن الله افترض طاعة هذا فعدل إلي و قال يا قاسم بن عبد الرحمن { أَبَشَرًا مِنَّا وَاحِدًا نَتَّبِعُهُ إِنَّا إِذًا لَفِي ضَلَالٍ وَسُعُرٍ } [القمر: 24] فقلت في نفسي ساحر و الله فعدل إلي فقال { أَأُلْقِيَ الذِّكْرُ عَلَيْهِ مِنْ بَيْنِنَا بَلْ هُوَ كَذَّابٌ أَشِر} [القمر: 25] قال فانصرفت و قلت بالإمامة و شهدت أنه حجة الله على خلقه و اعتقدته.

وعن عمران بن محمد الأشعري قال دخلت على أبي جعفر الثاني فقضيت حوائجي و قلت إن أم الحسن تقرؤك السلام و تسألك ثوبا من ثيابك أجعله كفنا لها فقال لي قد استغنت عن ذلك قال فخرجت لست أدري ما معنى ذلك فأتاني الخبر أنها قد ماتت قبل ذلك بثلاثة عشر يوما أو أربعة عشر يوما.

وعن دعبل بن علي أنه دخل على الرضا (عليه السلام) فأمر له بشيء فأخذه و لم يحمد الله فقال له لم لم تحمد الله قال ثم دخلت بعده على أبي جعفر فأمر له بشيء فقلت الحمد لله فقال تأدبت.

وعن علي بن إبراهيم عن أبيه قال استأذن على أبي جعفر قوم من أهل النواحي فأذن لهم فدخلوا و سألوه في مجلس واحد عن ثلاثين ألف مسألة فأجاب و له عشر سنين.

وعن محمد بن سنان قال قبض أبو جعفر محمد بن علي و هو ابن خمس و عشرين سنة و ثلاثة أشهر و اثني عشر يوما توفي في يوم الثلاثاء لست خلون من ذي الحجة سنة عشرين و مائتين عاش بعد أبيه تسع عشرة سنة إلا خمسة و عشرين يوما.

وعن أمية بن علي القيسي قال دخلت أنا و حماد بن عيسى على أبي جعفر بالمدينة لنودعه فقال لنا لا تخرجا اليوم و أقيما إلى غد فلما خرجنا من عنده قال لي حماد أنا أخرج فقد خرج ثقلي فقلت أما أنا فأقيم فخرج حماد فجرى الوادي تلك الليلة فغرق فيه و قبره بسيالة.