كان السبب في قبض الرشيد على أبي الحسن (عليه السلام) و حبسه و قتله ما ذكره أحمد بن عبيد الله بن عمار عن علي بن محمد النوفلى عن أبيه و أحمد بن محمد بن سعيد و أبو محمد الحسن بن محمد بن يحيى عن مشايخهم قالوا كان السبب في أخذ موسى بن جعفر (عليه السلام) أن الرشيد جعل ابنه في حجر جعفر بن محمد بن الأشعث فحسده يحيى بن خالد بن برمك على ذلك وقال إن أفضت إليه الخلافة زالت دولتي و دولة ولدي فاحتال على جعفر بن محمد و كان يقول بالإمامة حتى داخله و آنس به و كان يكثر غشيانه في منزله فيقف على أمره و يرفعه إلى الرشيد و يزيد عليه في ذلك بما يقدح في قلبه ثم قال لبعض ثقاته تعرفون لي رجلا من آل أبي طالب ليس بواسع الحال يعرفني ما أحتاج إليه فدل على علي بن إسماعيل بن جعفر بن محمد فحمل إليه يحيى بن خالد مالا و كان موسى (عليه السلام) يأنس بعلي بن إسماعيل و يصله و يبره ثم أنفذ إليه يحيى بن خالد يرغبه في قصد الرشيد و يعده بالإحسان إليه فعمل على ذلك فأحس به موسى (عليه السلام) فدعا به فقال إلى أين يا ابن أخي قال إلى بغداد قال و ما تصنع قال على دين و أنا مملق فقال له موسى (عليه السلام) أنا أقضي دينك وأفعل بك و أصنع فلم يلتفت إلى ذلك و عمل على الخروج فاستدعاه أبو الحسن (عليه السلام) فقال له أنت خارج قال نعم لا بد لي من ذلك فقال له انظر يا ابن أخي و اتق الله ولا تؤتم أطفالي و أمر له بثلاثمائة دينار و أربعة آلاف درهم فلما قام من بين يديه قال أبو الحسن (عليه السلام) لمن حضره و الله ليسعين في دمي و يؤتمن أولادي فقالوا جعلني الله فداك و أنت تعلم هذا من حاله و تعطيه و تصله قال نعم .

حدثني أبي عن آبائه عن رسول الله (صلى الله عليه واله) أن الرحم إذا قطعت فوصلت فقطعت قطعها الله وأنني أردت أن أصله بعد قطعه حتى إذا قطعني قطعه الله ؛ قالوا فخرج علي بن إسماعيل حتى أتى يحيى بن خالد فتعرف منه خبر موسى بن جعفر (عليه السلام) و رفعه إلى الرشيد فسأله عن عمه فسعى به إليه و قال إن الأموال تحمل إليه من المشرق و المغرب و إنه اشترى ضيعة سماه اليسيرية بثلاثين ألف دينار فقال له صاحبها و قد أحضره المال لا آخذ هذا النقد ولا آخذ إلا نقد كذا و كذا فأمر بذلك المال فرد وأعطاه ثلاثين ألف دينار من النقد الذي سأل بعينه ؛ فسمع ذلك منه الرشيد و أمر له بمائتي ألف درهم تسبب على بعض النواحي فاختار بعض كور المشرق ومضت رسله لقبض المال وأقام ينتظرهم فدخل في بعض تلك الأيام إلى الخلاء فزحر زحرة خرجت منها حشوته كلها فسقط و جهدوا في ردها فلم يقدروا فوقع لما به و جاءه المال و هو ينزع فقال ما أصنع به و أنا في الموت .

وخرج الرشيد في تلك السنة إلى الحج و بدا بالمدينة فقبض على أبي الحسن (عليه السلام) يقال إنه لما ورد المدينة استقبله موسى (عليه السلام) في جماعة من الأشراف و انصرفوا من استقباله فمضى أبو الحسن (عليه السلام) إلى المسجد على رسمه و أقام الرشيد إلى الليل و صار إلى قبر رسول الله (صلى الله عليه واله) فقال يا رسول الله إني أعتذر إليك من أمر أريد أن أفعله أريد أن أحبس موسى بن جعفر فإنه يريد التشتيت بين أمتك و سفك دمائهم ثم أمر به فأخذ من المسجد فأدخل إليه فقيده و استدعى قبتين فجعله في أحدهما على بغل و جعل القبة الأخرى على بغل آخر و خرج البغلان من داره عليهما القبتان مستورتان و مع كل واحدة منهما خيل فافترقت الخيل فمضى بعضها مع إحدى القبتين على طريق البصرة و الأخرى على طريق الكوفة و كان أبو الحسن (عليه السلام) في القبة التي مضى بها على طريق البصرة و إنما فعل الرشيد ذلك ليعمي على الناس الأمر في باب أبي الحسن و أمر القوم الذين كانوا مع قبة أبي الحسن أن يسلموه إلى عيسى بن جعفر بن المنصور وكان على البصرة حينئذ فسلم إليه فحبسه عنده سنة و كتب إليه الرشيد في دمه فاستدعى عيسى بن جعفر بعض خاصته و ثقاته فاستشارهم فيما كتب إليه الرشيد فأشاروا عليه بالتوقف عن ذلك والاستعفاء منه فكتب عيسى بن جعفر إلى الرشيد يقول له قد طال أمر موسى بن جعفر و مقامه في حبسي و قد اختبرت حاله و وضعت عليه العيون طول هذه المدة فما وجدته يفتر عن العبادة ووضعت من يسمع منه ما يقول في دعائه فما دعا عليك و لا علي و ما ذكرنا بسوء و ما يدعو إلا بالمغفرة و الرحمة لنفسه و إن أنت أنفذت إلى من يتسلمه مني و إلا خليت سبيله فإني متحرج من حبسه .